La actual Hermandad de las Aguas proviene de la fusión en dos diferentes épocas de tres Hermandades, dos de las que hoy consideramos de Gloria y otra de Penitencia.
La Hermandad de la Santa Cruz, cuya fundación puede datarse sobre 1635 y que desde entonces reside en un antiguo humilladero frente a las Atarazanas Reales, que a día de hoy es la Capilla de Nuestra Señora del Rosario.
La Congregación del Rosario, cuya fundación está datada el 24 de Marzo de 1697 en el Antiguo Convento de Nuestra Señora del Pópulo, espacio que hoy ocupa el actual Mercado del Arenal.
Y la Hermandad de Penitencia de las Aguas fundada en 1750 en el Convento de San Jacinto de Triana.
Las dos primeras hermandades se fusionan el 17 de Enero de 1738 con la inicial intención de acoger a una decadente Congregación del Rosario. Sin embargo las costumbres de la época y la devoción al Santo Rosario hacen más pujante a la Titular Gloriosa llegando a encumbrarla, en pocos años, como Titular de la Capilla que hoy conocemos, llamándose popularmente a la Hermandad: Rosario de la Resolana. La Resolana del Río era el nombre con el que se conocía a esta zona del actual Barrio del Arenal, extramuros de la ciudad de Sevilla entre las Atarazanas y la ribera del Guadalquivir.
La Hermandad de Gloria resultante vivió momentos de gran esplendor y padeció las severidades y los rigores del periodo histórico que le tocó vivir a la ciudad de Sevilla, del mismo modo que al otro lado del río, en Triana, igual le sucedía a la Hermandad de Penitencia de las Aguas.
El destino suele caminar de forma caprichosa por la Historia y en el caso de nuestra Hermandad, es llamativa la casualidad que hizo que el grupo de jóvenes que reorganizó la Hermandad de Penitencia en 1891, un año antes tuvo como lugar de reunión la propia Capilla del Rosario, lugar que pasó a ser la sede canónica de la Hermandad que hoy conocemos a partir de la fusión del 12 de Diciembre de 1977.
En el mes de Marzo de 1750 y después de un largo periodo de sequía, un grupo de devotos del Cristo de las Aguas deciden constituirse en Hermandad al ver que son oídas sus súplicas después de sacar en rogativas a la imagen anónima que en la actualidad se encuentra en el Convento de los Padres Dominicos de Almagro (Ciudad Real). Como titular mariana tomaron a una imagen tallada pocos años antes por José Montes de Oca venerada como Nuestra Señora del Mayor Dolor para que acompañara al Crucificado en el tradicional vía crucis que realizaban este grupo de fieles al Monasterio de Santa María de las Cuevas en la Isla de la Cartuja.
El Miércoles Santo 7 de Abril de 1751 hace su primera Estación de Penitencia a la Trianera Parroquia de Santa Ana el Cristo de las Aguas sobre el paso del Santísimo Cristo de la Expiración y la Virgen del Mayor Dolor en el paso de palio de la Hermandad de las Tres Caídas.
Solo 10 años más tarde y fruto de un considerable impulso económico, la incipiente Cofradía evita la cesión de las dos hermandades vecinas del Barrio, estrenando dos nuevos pasos realizados por Andrés de Carmona en los que procesionan sus imágenes titulares.
Ciertas adversidades hacen que la Hermandad en los siguientes 20 años solo procesione 5 veces: 1761, 1766, 1768, 1777 y 1778. Los motivos por los que la Cofradía se muestra tan inestable son, hasta ahora, del todo desconocidos, aunque entre ellos tuvo que influir el pleito que tuvo que lidiar con el Capataz de pasos Clemente García y que se resolvió favorable a éste en 1762 al no habérsele realizado el pago adecuado al número de costaleros necesitados para los nuevos pasos de mayor tamaño y peso.
A esta situación de inestabilidad se le unen las Pragmáticas de Carlos III pretendiendo adecentar los cortejos procesionales y asear la vida interna de las Cofradías que comienzan en 1772 y culminan con el Real Decreto de 1783 por el que todas las Hermandades deben presentar sus Reglas al Real y Supremo Consejo de Castilla.
Así lo hace la Hermandad de las Aguas el 7 de Septiembre de 1787 iniciando las pesquisas que le lleven a la normalización definitiva y a la validación de sus Reglas. Pero por motivos desconocidos este loable intento no llega a feliz término quedando paralizada la tramitación el 10 de Mayo de 1796.